Μέσα σε 26 λειψανοθήκες της Μονής περικλείονται Τίμια λείψανα 56 αγίων καθώς και Τίμιο και Ζωοποιό Ξύλο. Αυτά είναι: το αριστερό πόδι της αγίας Μαρίας της Μαγδαληνής και Ισαποστόλου μέσα σε επίχρυσο επένδυμα· οι τίμιες κάρες: του αγίου Αποστόλου Ιακώβου του Αλφαίου, Παρθενίου Επισκόπου Λαμψάκου και του Οσιομάρτυρα Αγαθαγγέλου του Εσφιγμενίτη· τμήματα: του αγίου Αθανασίου του Μεγάλου, Αναστασίου του Πέρσου, Αντωνίου Βερροίας, Αλεξίου του Ανθρώπου του Θεού, Αντίπα Επισκόπου Περγάμου, Μεγαλομάρτυρα Αρτεμίου, Αθανασίου Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως του Εσφιγμενίτη, Αναστασίας της Φαρμακολυτρίας, Μεγαλομάρτυρος Βαρβάρας, Γρηγορίου Νύσσης, Μεγαλομάρτυρος Γεωργίου, Νεομάρτυρος Γεωργίου του Πτολεμαΐδος, Νεομάρτυρος Δημητρίου του Πελοποννησίου, των δέκα Μαρτύρων της Κρήτης, των Είκοσι χιλιάδων Μαρτύρων της Νικομήδειας, Γρηγορίου Παλαμά του Εσφιγμενίτη, το οποίο έφερε στη Μονή το 1894 από τη Θεσσαλονίκη ο αδελφός της Μονής Πορφύριος Μοναχός επί Ηγουμένου Αρχιμανδρίτη Λουκά χωρίς άλλη γραπτή μαρτυρία (επειδή του το έδωσε κάποιος ιερέας που το πήρε κατά την μεγάλη πυρκαϊά της Θεσσαλονίκης το 1891).
Από τα τίμια λείψανα του οσιομάρτυρα Αγαθαγγέλου υπάρχουν στη Μονή το δεξιό χέρι και πόδι, μία πλευρά και η κάρα.
Όπως αναφέρει το από 29ης Φεβρουαρίου 1844 γράμμα των Επιτρόπων του Ναού του αγίου Γεωργίου της Σμύρνης και των Δημογερόντων της, σφραγισμένο με τη σφραγίδα του Κοινού της πόλης της Σμύρνης και τη σφραγίδα του Ναού του αγίου Γεωργίου, δηλοποιείται και επιβεβαιούται με την υπογραφή του Μητροπολίτη Σμύρνης Αθανασίου: «οτι κατά δικαίαν αίτησιν του Καθηγουμένου Κυρίου Αγαθαγγέλου Ιερομονάχου μετά των συναδέλφων αυτού του Κοινοβίου Εσφιγμένου διά γράμματος αυτών εκδοθέντος τη 10η του λήγοντος Φεβρουαρίου παρέδωκαν εις τον επί τούτω απεσταλμένον οσιολογιώτατον κύριον Μακάριον εκ των αγίων Λειψάνων του εν ταύτη τη πόλει προ χρόνων καρατομηθέντος Νεομάρτυρος αγίου Αγαθαγγέλου την δεξιάν χείρα και τόν πόδα, την μίαν πλευράν και την κάραν, άτινα είναι αναμφιβόλως και αδιστάκτως γνήσια Λείψανα του μνησθέντος Νεομάρτυρος κλπ».
Από τα τίμια λείψανα του οσιομάρτυρα Αγαθαγγέλου υπάρχουν στη Μονή το δεξιό χέρι και πόδι, μία πλευρά και η κάρα.
Όπως αναφέρει το από 29ης Φεβρουαρίου 1844 γράμμα των Επιτρόπων του Ναού του αγίου Γεωργίου της Σμύρνης και των Δημογερόντων της, σφραγισμένο με τη σφραγίδα του Κοινού της πόλης της Σμύρνης και τη σφραγίδα του Ναού του αγίου Γεωργίου, δηλοποιείται και επιβεβαιούται με την υπογραφή του Μητροπολίτη Σμύρνης Αθανασίου: «οτι κατά δικαίαν αίτησιν του Καθηγουμένου Κυρίου Αγαθαγγέλου Ιερομονάχου μετά των συναδέλφων αυτού του Κοινοβίου Εσφιγμένου διά γράμματος αυτών εκδοθέντος τη 10η του λήγοντος Φεβρουαρίου παρέδωκαν εις τον επί τούτω απεσταλμένον οσιολογιώτατον κύριον Μακάριον εκ των αγίων Λειψάνων του εν ταύτη τη πόλει προ χρόνων καρατομηθέντος Νεομάρτυρος αγίου Αγαθαγγέλου την δεξιάν χείρα και τόν πόδα, την μίαν πλευράν και την κάραν, άτινα είναι αναμφιβόλως και αδιστάκτως γνήσια Λείψανα του μνησθέντος Νεομάρτυρος κλπ».
