Στις 15 Αυγούστου του 1804, με εντολή της Μεγάλης Εκκλησίας και αίτηση του προηγουμένου κυρ-Ευθυμίου Εσφιγμενίτου (1798-1804) και των λοιπών αδελφών, κατέφθασε σαν Ηγούμενος από τη Μεγίστη Λαύρα ο Προηγούμενος Θεοδώρητος και ανέλαβε τήν διακυβέρνηση της Μονής την ημέρα της Κοιμήσεως της Θεοτόκου του ίδιου έτους έως το 1806. Αναφέρει αυτός ότι ζούσαν οι αδελφοί κατά την εποχή εκείνη με μεγάλη εγκράτεια και άσκηση, ώστε είναι θαύμα εις τους δυστυχέστατους τότε καιρούς να βλέπει κανείς να ακολουθείται ο βίος των αρχαίων αγίων Πατέρων.
Ο λόγιος ηγούμενος Θεοδώρητος ο Ιωαννίτης, που μόνασε καί στην Σκήτη της Αγίας Αννης, συνέγραψε Ιστορία του Αγίου 'Ορους, η οποία καταστράφηκε από επιδρομή ληστών, Ερμηνεία στην Αποκάλυψη (1800) (πολύ τολμηρή σε αλληγορία) και Ερμηνεία στον προφήτη Δανιήλ επίσης μέ αλληγορική εξήγηση, προσπαθώντας καταφανώς με τα γραφόμενά του αυτά να εξεγείρει τους αναγνώστες του σε επανάσταση εναντίον των Τούρκων.
Σώζεται αλληλογραφία αυτού και του αδελφού του με τόν λογιώτατο Ευγένιο Βούλγαρη, Αρχιεπίσκοπο Χερσώνος και Ταυρίδος, στην οποία προσπαθεί να τον πείσει να ασχοληθεί με την διόρθωση του έργου του. Ο Ευγένιος γνωρίζοντας το «δυσχείμερον» της εποχής και προσπαθώντας να περισώσει το Πατριαρχείο από περιπέτειες λόγω του «θερμοκέφαλου» κληρικού αυτού, αποφεύγει να ασχοληθεί μέ το έργο του Θεοδωρήτου περιοριζόμενος σε γενικές και αόριστες συμβουλές.
Τελικά η ερμηνεία της Αποκάλυψης του Θεοδωρήτου εκδόθηκε «ιδίοις εξόδοις» στην Βιέννη χωρίς ποτέ να λάβει τις επίσημες καί εγκεκριμένες από το Πατριαρχείο διαστάσεις που επιθυμούσε ο συγγραφέας της. Στο Αγιον Όρος σώζονται ακόμη μερικά αντίτυπά της.
